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\chapter{Protocolli}
\label{app:protocols}

\begin{algorithm}[ht]
\caption{Microsfere di silice in nitrocellulosa \cite{Monico2014}}
\label{proto:silica_beads}
\begin{tabular}{p{2cm} p{12cm}}
     \textbf{Materiale \mbox{necessario}:}
     & 
         $\bullet$~Foglio di nitrocellulosa
         $\bullet$~Microsfere in silice (diametro \SI{1.54}{\um},
            10\% fraz. solida)
         $\bullet$~Acetato di pentile
         $\bullet$~Provette
         $\bullet$~Centrifuga da banco
         $\bullet$~Acetone
\end{tabular}
\begin{algorithmic}[1]
    \STATE Preparare \SI{1}{\mL} di soluzione di nitrocellulosa
        dissolta in acetato di pentile, concentrazione \SI{0.1}{\percent}. 
    \STATE Diluire \SI{20}{\uL} di microsfere in silice in
        \SI{1}{\mL} di acetone, sonicare per \SI{30}{\second} e
        vortexare.
    \STATE Centrifugare per \SI{2}{\minute} a \SI{19000}{g}.
    \STATE Ripetere il lavaggio precedente sempre con \SI{1}{\mL} di acetone.
    \STATE Ripetere il lavaggio precedente due volte con acetato di
    pentile.
    \STATE Risospendere infine nella soluzione di nitrocellulosa in    acetato di pentile (\SI{0.1}{\percent}).
    \STATE Conservare a \SI{4}{\celsius} e usare entro un mese.
\end{algorithmic}
\end{algorithm}

\begin{algorithm}[ht]
\caption{Cella di flusso con microsfere in silice
immobilizzate}
\label{proto:silica_beads_flow_cell}
\begin{tabular}{p{2cm} p{12cm}}
     \textbf{Materiale \mbox{necessario}:}
     & 
         $\bullet$~Soluzione con microsfere in nitrocellulosa
            (vedi Protocollo \ref{proto:silica_beads})
         $\bullet$~Acqua ultrapura Milli-Q\textsuperscript{®}
         $\bullet$~Vetrino portaoggetti
         $\bullet$~Vetrini coprioggetti \#0 (spessore \SI{100}{\um}) 
         $\bullet$~Foglio biadesivo (spessore $\approx \SI{60}{\um}$)
         $\bullet$~Etanolo assoluto ($> 99.8\%$)
         $\bullet$~Silicone
         $\bullet$~Carta assorbente
\end{tabular}
\begin{algorithmic}[1]
    \STATE Pulire accuratamente un vetrino portaoggetti e due vetrini
        coprioggetti, risciacquandoli con etanolo su entrambi i lati.
    \STATE Far evaporare completamente il solvente.
    \STATE Ritagliare delle strisce sottili e lunghe (circa
        \SIlist{2x50}{\mm}) di foglio biadesivo.
    \STATE Preparare le celle di flusso sul vetrino coprioggetti utilizzando
        le striscette adesive (come in figura), lasciando la pellicola
        protettiva superiore.
    \STATE Sonicare per \SIrange{1}{2}{\minute} minuti la soluzione
    contenente microsfere
        e nitrocellulosa, in modo da eliminare eventuali aggregati.
    \STATE Vortexare per \SIrange{20}{30}{\second}, in modo da sospendere
        omogenemaente le microsfere nel volume della soluzione.
    \STATE Prelevare con una micropipetta \SIrange{1}{2}{\uL} di soluzione.
    \STATE Depositare la soluzione sopra un vetrino coprioggetti, tenendolo
        fermo con la punta della pipetta e utilizzando un secondo vetrino per
        stendere uniformemente la soluzione, poi lasciare riposare \SI{5}{\minute}.
    \STATE Rimuovere le pellicole protettive dagli adesivi sul vetrino
        coprioggetti, creare le celle di flusso chiudendo il vetrino
        coprioggetti sul vetrino portaoggetti, assicurandosi che la superficie
        rivestita con la soluzione rimanga interna alla cella.
    \STATE Immettere acqua ultrapura, utilizzando una micropipetta, da un lato
        della cella di flusso, fino a riempirla completamente. Utilizzare se
        necessario un pezzo di carta assorbente per agevolare il flusso
        dell'acqua attraverso la cella.
    \STATE Sigillare i lati aperti della cella utilizzando del silicone.
\end{algorithmic}
\end{algorithm}

\begin{figure}[H]
    \centering
    \includegraphics{images/flow_cell.pdf}
    \caption{Realizzazione di una cella di flusso}
    \label{fig:my_label}
\end{figure}


\begin{algorithm}[ht]
\caption{Cella di flusso con fluoroforo immobilizzato}
\label{proto:silica_beads_flow_cell}
\begin{tabular}{p{2cm} p{12cm}}
     \textbf{Materiale \mbox{necessario}:}
     & 
         $\bullet$~Soluzione con fluoroforo streptavidinato
         $\bullet$~Acqua ultrapura Milli-Q\textsuperscript{®}
         $\bullet$~Vetrino portaoggetti
         $\bullet$~Vetrini coprioggetti \#0 (spessore \SI{100}{\um}) 
         $\bullet$~Foglio biadesivo (spessore $\approx \SI{60}{\um}$)
         $\bullet$~Etanolo assoluto ($> 99.8\%$)
         $\bullet$~Silicone
         $\bullet$~Carta assorbente
\end{tabular}
\begin{algorithmic}[1]
    \STATE Pulire accuratamente un vetrino portaoggetti e due vetrini
        coprioggetti, risciacquandoli con etanolo su entrambi i lati.
    \STATE Far evaporare completamente il solvente.
    \STATE Ritagliare delle strisce sottili e lunghe (circa
        \SIlist{2x50}{\mm}) di foglio biadesivo.
    \STATE Preparare le celle di flusso sul vetrino coprioggetti utilizzando
        le striscette adesive (come in figura), lasciando la pellicola
        protettiva superiore.
    \STATE Sonicare per \SIrange{1}{2}{\minute} minuti la soluzione
    contenente microsfere
        e nitrocellulosa, in modo da eliminare eventuali aggregati.
    \STATE Vortexare per \SIrange{20}{30}{\second}, in modo da sospendere
        omogenemaente le microsfere nel volume della soluzione.
    \STATE Prelevare con una micropipetta \SIrange{1}{2}{\uL} di soluzione.
    \STATE Depositare la soluzione sopra un vetrino coprioggetti, tenendolo
        fermo con la punta della pipetta e utilizzando un secondo vetrino per
        stendere uniformemente la soluzione, poi lasciare riposare \SI{5}{\minute}.
    \STATE Rimuovere le pellicole protettive dagli adesivi sul vetrino
        coprioggetti, creare le celle di flusso chiudendo il vetrino
        coprioggetti sul vetrino portaoggetti, assicurandosi che la superficie
        rivestita con la soluzione rimanga interna alla cella.
    \STATE Immettere acqua ultrapura, utilizzando una micropipetta, da un lato
        della cella di flusso, fino a riempirla completamente. Utilizzare se
        necessario un pezzo di carta assorbente per agevolare il flusso
        dell'acqua attraverso la cella.
    \STATE Sigillare i lati aperti della cella utilizzando del silicone.
\end{algorithmic}
\end{algorithm}