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chapters/2-setup.tex

@@ -381,8 +381,8 @@ tramite tre collimatori con specifiche diverse.
     \end{tabular}
     \caption{Collimatori usati per estrarre i fasci alle varie
     lunghezzed d'onda, con distanza focale indicata dal costruttore
-    (f) e diametro del fascio (BD) misurato mediante fit gaussiano del
-    suo profilo d'intensità.}
+    (f) e diametro del fascio (BD) misurato mediante \textit{fit}
+    gaussiano del suo profilo d'intensità.}
     \label{tab:my_label}
 \end{table}
 

chapters/3-methods.tex

@@ -1,59 +1,66 @@
 \chapter{Metodi}
 \label{cap:methods}
 
- \section{Stabilizzazione meccanica}
- \label{sec:stabilization}
- 
- Nonostante l'isolamento meccanico fornito dagli
- elastomeri e dal tavolo ottico la posizione del campione
- rispetto al centro dell'obiettivo e la quota del piano
- focale sono soggette a fluttuazioni e derive.
- Gli effetti più evidenti e rilevabili sono rapide
- oscillazioni della posizione del campione dovute a
- vibrazioni acustiche residue e una progressive deriva
- rispetto alla posizione fissata che diventa significativa
- ($> \SI{100}{\nm}$) per tempi di osservazione di
- diversi minuti.
- 
- Per quantificare quest'effetto viene usato un apposito
- campione in cui diverse microsfere in silice, di diametro
- \SI{0.5}{\um}, vengono immobilizzate in uno strato di
- nitrocellulosa depositato nella superficie interna
- del vetrino coprioggetti. Le varie fasi per la
- preparazione di questo campione sono descritte nei
- particolari nell'appendice \ref{app:protocols} relativa
- ai protocolli, alla sezione
- \ref{sec:proto:silica_beads_flow}.
+\section{Stabilizzazione meccanica}
+\label{sec:stabilization}
+
+Nonostante l'isolamento meccanico fornito dagli elastomeri e dal
+tavolo ottico la posizione del campione rispetto al centro
+dell'obiettivo e la quota del piano focale sono soggette a
+fluttuazioni e derive.
+Gli effetti più evidenti e rilevabili sono rapide oscillazioni della
+posizione del campione dovute a vibrazioni acustiche residue e una
+progressive deriva rispetto alla posizione fissata che diventa
+significativa  ($> \SI{100}{\nm}$) per tempi di osservazione di
+diversi minuti.
+
+Per quantificare quest'effetto viene usato un apposito campione in cui
+diverse microsfere in silice, di diametro \SI{0.5}{\um}, vengono 
+immobilizzate in uno strato di nitrocellulosa depositato nella
+superficie interna del vetrino coprioggetti.
+Le varie fasi per la preparazione di questo campione sono descritte nei
+particolari nell'appendice \ref{app:protocols}, protocollo
+\ref{proto:silica_beads_flow_cell}.
  
- Le microsfere immobilizzate nel campione possono
- essere messe a fuoco e visualizzate attraverso il 
- sistema di microscopia a luce trasmessa.
- Una volta selezionata e messa a fuoco una microsfera,
- analizzando l'immagine prodotta da uno dei due sensori
- CMOS è possibile calcolare le coordinate (in pixel)
- del suo centroide:
+Le microsfere immobilizzate nel campione possono essere messe a fuoco
+e visualizzate attraverso il sistema di microscopia a luce trasmessa.
+Una volta selezionata e messa a fuoco una microsfera, analizzando
+l'immagine prodotta da uno dei due sensori CMOS è possibile calcolare
+le coordinate (in pixel) del suo centroide:
  
- \begin{equation}
+\begin{equation}
      (x_{cen}, y_{cen}) =
         \frac{
             \sum_{(x, y)} (x, y) I(x, y)
         }{
             \sum_{(x, y)} I(x, y)
         }
- \end{equation}
+\end{equation}
  
- Per evitare di considerare altre microsfere o
- imperfezioni sul campione si sceglie di effettuare il
- calcolo del centroide limitando la regione dell'immagine
- utilizzata a un rettangolo nel quale una microsfera è
- sufficientemente isolata.
+Per evitare di considerare altre microsfere o imperfezioni sul campione
+si sceglie di effettuare il calcolo del centroide limitando la regione
+dell'immagine utilizzata a un rettangolo nel quale una microsfera è
+sufficientemente isolata.
  
- Ricalcolando il centroide intervalli temporali fissati
- è possibile osservare la deriva della posizione (x, y)
- della microsfera. Inoltre è possibile sfruttare questo
- stesso campione per effettuare una calibrazione del
- fattore di conversione pixel/nm lungo due assi 
- ortogonali.
+Ricalcolando il centroide intervalli temporali fissati è possibile
+osservare la deriva della posizione (x, y) della microsfera.
+Inoltre è possibile sfruttare questo stesso campione per effettuare
+una calibrazione del fattore di conversione pixel/nm lungo due assi 
+ortogonali.
+
+Per effettuare la calibrazione, dopo aver calcolato il centroide
+della microsfera, si sposta la posizione dal campione lungo uno dei
+due assi di una distanza ben definita, utilizzando il traslatore
+piezoelettrico. A questo punto, calcolando la nuova posizione del
+centroide si ottiene il rapporto tra lo spostamento comandato al
+traslatore (in \si{\nm}) e la variazione del centroide (in pixel).
+Ripetendo questa operazione in sequenza per vari punti si ottiene
+una curva di calibrazione per l'asse scansionata, dalla quale è
+possibile estratte la costante di proporzionalità con un \textit{fit}
+lineare.
+
+Risulta più complesso invece stimare la deriva del piano focale:
+per questo motivo è stato sviluppato 
 
  
  

chapters/A3-protocols.tex

@@ -17,13 +17,15 @@
 \end{tabular}
 \begin{algorithmic}[1]
     \STATE Preparare \SI{1}{\mL} di soluzione di nitrocellulosa dissolta in
-    acetato di pentile, concentrazione $0.1%$$. 
+    acetato di pentile, concentrazione \SI{0.1}{\percent}. 
     \STATE Diluire \SI{20}{\uL} di microsfere in silice in \SI{1}{\mL} di
     acetone, sonicare per \SI{30}{\second} e vortexare.
     \STATE Centrifugare per \SI{2}{\minute} a \SI{19000}{g}.
-    \STATE Ripetere il lavaggio precedente
-    \STATE Ripetere il lavaggio precedente due volte risospendendo nella
-        soluzione di nitrocellulosa in acetato di pentile.
+    \STATE Ripetere il lavaggio precedente sempre con 1mL di acetone.
+    \STATE Ripetere il lavaggio precedente due volte con acetato di
+    pentile.
+    \STATE Risospendere infine nella soluzione di nitrocellulosa in
+    acetato di pentile (\SI{0.1}{\percent}).
     \STATE Conservare a \SI{4}{\celsius} e usare entro un mese.
 \end{algorithmic}
 \end{algorithm}