Update on Overleaf.

chapters/1-introduction.tex

@@ -507,7 +507,7 @@ seguenti effetti:
 Grazie alla termodinamica statistica è possibile mettere in relazione
 lo spettro delle fluttuazioni di posizione di una sfera intrappolata
 con il parametro $k$ della forza elastica di richiamo
-(vedi Appendice \ref{app:fluctuaction_spectrum}).
+(vedi sezione \ref{sec:calibration}).
 In questo modo, una volta determinato $k$, è possibile mettere
 in relazione il valore delle forze esterne agenti sulla sfera con il
 suo spostamento dalla posizione di riposo.

chapters/2-setup.tex

@@ -133,10 +133,10 @@ i protocolli di comunicazione GCS per i moduli Physik Instrumente
 e GC \cite{gclib} per il modulo Galil Motion Control.
 
 Per semplificare l'utilizzo dei tre gli attuatori durante
-la manipolazione di un campione è stato sviluppato un software
+la manipolazione di un campione è stato propgramma
 in ambiente LabVIEW che implementa i protocolli di comunicazione
-richiesti.
-In particolare il software sviluppato consente di utilizzare
+richiesti (\texttt{Joystick Control}).
+In particolare il codice sviluppato consente di utilizzare
 levette analogiche e cursori di un \textit{controller} della console
 Xbox 360 (Microsoft) per inviare comandi agli attuatori, rendendo la
 manipolazione del campione particolarmente semplice e intuitiva.
@@ -299,7 +299,7 @@ di rilevamento della radiazione diffusa nel piano focale posteriore
     \includegraphics[width=\linewidth]{images/bfp.pdf}
     \caption{Principio di funzionamento della \textit{back-focal-plane detection} e andamento della sensibilità al variare della
     dimensione dello \textit{spot}}
-    \label{fig:my_label}
+    \label{fig:bfp}
 \end{figure}
 
 Il profilo d'intensità della luce diffusa in avanti da una microsfera

chapters/3-methods.tex

@@ -69,7 +69,7 @@ radiale della luce diffusa dalla microsfera.
 In figura \ref{fig:radial_itensity} rappresentato l'andamento del
 profilo radiale variando la quota del piano focale (z).
 
-\begin{figure}[h]
+\begin{figure}[ht]
     \centering
     \includegraphics{images/radial_intensity.pdf}
     \caption{Profilo di indensità radiale rispetto al centroide
@@ -87,7 +87,7 @@ tra l'intensità media in un anello con raggio interno ed esterno
 rispettivamente di \SIlist{80;160}{pixel} e l'intensità media
 calcolata in un raggio di \SI{60}{pixel}.
 
-\begin{figure}[h]
+\begin{figure}[ht]
      \centering
      \includegraphics{images/z-est.pdf}
      \caption{Andamento del rapporto intensità anello/cerchio in
@@ -138,7 +138,17 @@ la stabilizzazione raggiunta.
 L'acquisizione di diverse tracce della durata di 5-10 minuti ha
 sempre mostrato deviazioni standard delle fluttuazioni comprese
 tra \SIlist{1;2}{\nm}.
+In figura \ref{fig:active_stab} vengono riporati i tracciati delle
+fluttuazioni della posizione del campione, con (nero) e senza
+(rosso) l'intervendo del sistema di stabilizzazione attiva.
 
+\begin{figure}[ht]
+    \centering
+    \includegraphics{images/active_stab.pdf}
+    \caption{Deriva della posizione del campione con e senza sistema di
+    stabilizzazione attivato.}
+    \label{fig:active_stab}
+\end{figure}
 
  
  \section{Calibrazione parametri trappole}
@@ -282,16 +292,14 @@ trappola la distribuzione spettrale di rumore, utilizzando un algoritmo
 per la trasformata di Fourier veloce (\textit{Fast Fourier Transform}, FFT),
 con i seguenti parametri riportati in tabella \ref{tab:fft_par}.
 
-\begin{table}[h]
+\begin{table}[ht]
     \centering
     \begin{tabular}{>{\bf}l l}
     \toprule
-     Accumulo medie & Metodo di Welch\cite{Welch1967} \\
-     {\it Segmenti accumulati} & 32 \\
-     {\it Lunghezza segmenti} & N/32 \\
-    \midrule 
+     Metodo di accumulo & Welch\cite{Welch1967} \\
+     Segmenti accumulati & 32 \\
+     Lunghezza segmenti & N/32 \\
      Finestra & Hann \\
-    \midrule
     \bottomrule
      
     \end{tabular}
@@ -302,7 +310,7 @@ con i seguenti parametri riportati in tabella \ref{tab:fft_par}.
 Su ciascuno spettro viene eseguito un \textit{fit} per determinare
 i valori di $\beta$ e $k$ imponendo i valori noti riportati in tabella \ref{tab:fit}.
 
-\begin{table}[h]
+\begin{table}[ht]
     \centering
     \begin{tabular}{l l l}
     \toprule
@@ -318,23 +326,36 @@ i valori di $\beta$ e $k$ imponendo i valori noti riportati in tabella \ref{tab:
     \bottomrule
     \end{tabular}
     \caption{Parametri $fit$ distribuzione spettrale}
-    \label{tab:tab:fit}
+    \label{tab:fit}
 \end{table}
 
 In figura \ref{fig:psd} si riporta una distribuzione spettrale tipica
 confrontata con la funzione teorica.
 
-\begin{figure}
+\begin{figure}[ht]
     \centering
     \includegraphics{images/PSD.pdf}
-    \caption[scale=0.8]{Densità spettrale di rumore per la posizione di una trappola
+    \caption[scale=0.7]{Densità spettrale di rumore per la posizione di una trappola
     ottica.}
     \label{fig:psd}
 \end{figure}
  
+Dai valori di $k$ e $\beta$ estratti per tutte le posizioni di ciascuna 
+trappola è possibile interpolare i valori per ogni possibile posizione
+intermeda. Per fare questo si usano delle funzioni polinomiali di ordine 3,
+come mostrato in figura \ref{fig:trap_ccurves}.
+
+\begin{figure}[ht]
+    \centering
+    \includegraphics[scale=0.8]{images/calibration_curves.pdf}
+    \caption{Andamento e interpolazione dei valori di $k$ e $\beta$.}
+    \label{fig:trap_ccurves}
+\end{figure}
 
  \section{Retroazione AOM e \textit{force-clamp}}
  \label{sec:force-clamp}
+
+
  
  \section{Saggio a tre sfere}
  \label{sec:three-beads}

chapters/A3-protocols.tex

@@ -1,7 +1,7 @@
 \chapter{Protocolli}
 \label{app:protocols}
 
-\begin{algorithm}[h]
+\begin{algorithm}[ht]
 \caption{Microsfere di silice in nitrocellulosa \cite{Monico2014}}
 \label{proto:silica_beads}
 \begin{tabular}{p{2cm} p{12cm}}
@@ -30,7 +30,7 @@
 \end{algorithmic}
 \end{algorithm}
 
-\begin{algorithm}[h]
+\begin{algorithm}[ht]
 \caption{Cella di flusso con microsfere in silice
 immobilizzate}
 \label{proto:silica_beads_flow_cell}

references.bib

@@ -162,7 +162,7 @@
   month = 5,
   publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
   author = {Ekaterina Vasileva and Florian Rouaud and Domenica Spadaro and Wenmao Huang and Adai Colom and Arielle Flinois and Jimit Shah and Vera Dugina and Christine Chaponnier and Sophie Sluysmans and Isabelle M{\'{e}}an and Lionel Jond and Aur{\'{e}}lien Roux and Jie Yan and Sandra Citi},
-  title = {Cingulin unfolds {ZO}-1 and organizes myosin-2B and $\upgamma$-actin to mechanoregulate apical and tight junction membranes}
+  title = {Cingulin unfolds {ZO}-1 and organizes myosin-2B and $\Gamma$-actin to mechanoregulate apical and tight junction membranes}
 }
 
 @article{Monico2014,
@@ -193,7 +193,7 @@
 
 @article{Welch1967,
   doi = {10.1109/tau.1967.1161901},
-  url = {https://doi.org/10.1109/tau.1967.1161901},
+  _url = {https://doi.org/10.1109/tau.1967.1161901},
   year = {1967},
   month = jun,
   publisher = {Institute of Electrical and Electronics Engineers ({IEEE})},