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chapters/3-methods.tex

@@ -352,7 +352,7 @@ i valori di $\beta$ e $k$ imponendo i valori noti riportati in tabella \ref{tab:
 In figura \ref{fig:psd} si riporta una distribuzione spettrale tipica
 confrontata con la funzione teorica.
 
-\begin{figure}[ht]
+\begin{figure}[htpb]
     \centering
     \includegraphics{images/PSD.pdf}
     \caption[scale=0.7]{Densità spettrale di rumore per la posizione di una trappola
@@ -365,7 +365,7 @@ trappola è possibile interpolare i valori per ogni possibile posizione
 intermeda. Per fare questo si usano delle funzioni polinomiali di ordine 3,
 come mostrato in figura \ref{fig:trap_ccurves}.
 
-\begin{figure}[ht]
+\begin{figure}[htpb]
     \centering
     \includegraphics[scale=0.8]{images/calibration_curves.pdf}
     \caption{Andamento e interpolazione dei valori di $k$ e $\beta$.}
@@ -407,6 +407,13 @@ verificarsi due situazioni:
     sarà applicata una tensione pari a quella selezionata.
 \end{itemize}
 
+\begin{figure}[ht]
+    \centering
+    \includegraphics{images/tension.pdf}
+    \caption{\textit{Force-clamp} con una trappola.}
+    \label{fig:tension}
+\end{figure}
+
 Osservando i tracciati temporali della posizione relativa della
 microsfera è possibile individuare la transizione tra questi due
 regimi, sia attraverso la velocità di variazione della posizione,
@@ -417,9 +424,52 @@ per diversi valori di tensione selezionati è possibile caratterizzare
 quantitativamente la dipendenza dalle sollecitazioni esterne del
 legame analizzato.
 
- 
+Per realizzare sperimentalmetne questa misura
+
  \section{Saggio a tre sfere}
  \label{sec:three-beads}
+
+Visto che nelle giunzioni aderenti la trasmissione degli sforzi
+meccanici è spesso media tra proteine filamentose (come la
+\textit{F-actina}) risulta particolarmente utile sviluppare un
+saggio in cui, usando due trappole, è possibile mettere in tensione
+una proteina filamentosa, simulando ad esempio lo stato in cui si
+può trovare la \textit{F-actina} nel citoscheletro.
+
+\begin{figure}[h]
+\centering
+   \begin{subfigure}{0.45\linewidth}
+   \centering
+   \includegraphics[width=\linewidth]{images/three_beads_tension.pdf}
+   \caption{}
+   \label{fig:feedback-off} 
+\end{subfigure}
+\\[\baselineskip]
+\begin{subfigure}{0.45\linewidth}
+   \centering
+   \includegraphics[width=\linewidth]{images/three_beads_fbON_unbound.pdf}
+   \caption{}
+   \label{fig:feedback-on-unbound}
+\end{subfigure}
+\hfill
+\begin{subfigure}[H]{0.45\linewidth}
+   \centering
+   \includegraphics[width=\linewidth]{images/three_beads_fbON_bound.pdf}
+   \caption{}
+   \label{fig:feedback-on-bound}
+\end{subfigure}
+\centering
+\caption{(a) Ciclo di retroazione disattivato, microsfere in posizione di equilibrio. La tensione del filamento può essere aggiustata modificando la distanza delle trappole. (b) Ciclo di retroazione
+attivato, nessuna molecola immobilizzata legata al filamento. Le
+trappole si muovono indefinitamente per ``inseguire'' la posizione
+corrispondente alla forza richiesta. (c) Il filamento si lega con
+una molecola immobilizzata sul vetrino, la microsfera raggiunge la
+posizione target e lo spostamento delle trappole si arresta. La forza
+applicata sul legame è pari a quella selezionata}.
+\label{fig:three_beads}
+\end{figure}
+
+In figura \ref{fig:three_beads} è rappresentato lo schema realizzato
  
  \section{Fluorescenza di singola molecole}
  \label{sec:single_molecule_fluorescence}

main.tex

@@ -23,6 +23,7 @@
 \usepackage{caption}
 \captionsetup[figure]{font=small,labelfont=bf}
 \captionsetup[table]{font=small,labelfont=bf}
+\usepackage{subcaption}
 
 
 % ===== MATHS