diff --git a/chapters/3-methods.tex b/chapters/3-methods.tex index dda3503..8b6e366 100644 --- a/chapters/3-methods.tex +++ b/chapters/3-methods.tex @@ -352,7 +352,7 @@ i valori di $\beta$ e $k$ imponendo i valori noti riportati in tabella \ref{tab: In figura \ref{fig:psd} si riporta una distribuzione spettrale tipica confrontata con la funzione teorica. -\begin{figure}[ht] +\begin{figure}[htpb] \centering \includegraphics{images/PSD.pdf} \caption[scale=0.7]{Densità spettrale di rumore per la posizione di una trappola @@ -365,7 +365,7 @@ trappola è possibile interpolare i valori per ogni possibile posizione intermeda. Per fare questo si usano delle funzioni polinomiali di ordine 3, come mostrato in figura \ref{fig:trap_ccurves}. -\begin{figure}[ht] +\begin{figure}[htpb] \centering \includegraphics[scale=0.8]{images/calibration_curves.pdf} \caption{Andamento e interpolazione dei valori di $k$ e $\beta$.} @@ -407,6 +407,13 @@ verificarsi due situazioni: sarà applicata una tensione pari a quella selezionata. \end{itemize} +\begin{figure}[ht] + \centering + \includegraphics{images/tension.pdf} + \caption{\textit{Force-clamp} con una trappola.} + \label{fig:tension} +\end{figure} + Osservando i tracciati temporali della posizione relativa della microsfera è possibile individuare la transizione tra questi due regimi, sia attraverso la velocità di variazione della posizione, @@ -417,9 +424,52 @@ per diversi valori di tensione selezionati è possibile caratterizzare quantitativamente la dipendenza dalle sollecitazioni esterne del legame analizzato. - +Per realizzare sperimentalmetne questa misura + \section{Saggio a tre sfere} \label{sec:three-beads} + +Visto che nelle giunzioni aderenti la trasmissione degli sforzi +meccanici è spesso media tra proteine filamentose (come la +\textit{F-actina}) risulta particolarmente utile sviluppare un +saggio in cui, usando due trappole, è possibile mettere in tensione +una proteina filamentosa, simulando ad esempio lo stato in cui si +può trovare la \textit{F-actina} nel citoscheletro. + +\begin{figure}[h] +\centering + \begin{subfigure}{0.45\linewidth} + \centering + \includegraphics[width=\linewidth]{images/three_beads_tension.pdf} + \caption{} + \label{fig:feedback-off} +\end{subfigure} +\\[\baselineskip] +\begin{subfigure}{0.45\linewidth} + \centering + \includegraphics[width=\linewidth]{images/three_beads_fbON_unbound.pdf} + \caption{} + \label{fig:feedback-on-unbound} +\end{subfigure} +\hfill +\begin{subfigure}[H]{0.45\linewidth} + \centering + \includegraphics[width=\linewidth]{images/three_beads_fbON_bound.pdf} + \caption{} + \label{fig:feedback-on-bound} +\end{subfigure} +\centering +\caption{(a) Ciclo di retroazione disattivato, microsfere in posizione di equilibrio. La tensione del filamento può essere aggiustata modificando la distanza delle trappole. (b) Ciclo di retroazione +attivato, nessuna molecola immobilizzata legata al filamento. Le +trappole si muovono indefinitamente per ``inseguire'' la posizione +corrispondente alla forza richiesta. (c) Il filamento si lega con +una molecola immobilizzata sul vetrino, la microsfera raggiunge la +posizione target e lo spostamento delle trappole si arresta. La forza +applicata sul legame è pari a quella selezionata}. +\label{fig:three_beads} +\end{figure} + +In figura \ref{fig:three_beads} è rappresentato lo schema realizzato \section{Fluorescenza di singola molecole} \label{sec:single_molecule_fluorescence} diff --git a/images/tension.pdf b/images/tension.pdf new file mode 100644 index 0000000..6ebb4e8 Binary files /dev/null and b/images/tension.pdf differ diff --git a/images/three_beads_fbON_bound.pdf b/images/three_beads_fbON_bound.pdf new file mode 100644 index 0000000..8b0306e Binary files /dev/null and b/images/three_beads_fbON_bound.pdf differ diff --git a/images/three_beads_fbON_bound.svg b/images/three_beads_fbON_bound.svg new file mode 100644 index 0000000..8ca08ba --- /dev/null +++ b/images/three_beads_fbON_bound.svg @@ -0,0 +1,1889 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + image/svg+xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Δx + + + + + + + + + Δx + + + + + + + δx + + posizionetarget + + |f| = kδx + + + + + + diff --git a/images/three_beads_fbON_unbound.pdf b/images/three_beads_fbON_unbound.pdf new file mode 100644 index 0000000..e54a570 Binary files /dev/null and b/images/three_beads_fbON_unbound.pdf differ diff --git a/images/three_beads_fbON_unbound.svg b/images/three_beads_fbON_unbound.svg new file mode 100644 index 0000000..d766f17 --- /dev/null +++ b/images/three_beads_fbON_unbound.svg @@ -0,0 +1,1837 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + image/svg+xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Δx + + + + + + + + + Δx + + + + + + + + δx + + posizionetarget + + + + movimento trappole + + diff --git a/images/three_beads_tension.pdf b/images/three_beads_tension.pdf new file mode 100644 index 0000000..91b4af5 Binary files /dev/null and b/images/three_beads_tension.pdf differ diff --git a/images/three_beads_tension.svg b/images/three_beads_tension.svg new file mode 100644 index 0000000..89f1737 --- /dev/null +++ b/images/three_beads_tension.svg @@ -0,0 +1,1678 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + image/svg+xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Δx + + + + + + + + + + Δx + + filamentoin tensione + |F0| = kΔx + + diff --git a/images_src/tension.svg b/images_src/tension.svg new file mode 100644 index 0000000..04c1817 --- /dev/null +++ b/images_src/tension.svg @@ -0,0 +1,1494 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + image/svg+xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Δx + + diff --git a/main.tex b/main.tex index 7cba88c..a8b1172 100644 --- a/main.tex +++ b/main.tex @@ -23,6 +23,7 @@ \usepackage{caption} \captionsetup[figure]{font=small,labelfont=bf} \captionsetup[table]{font=small,labelfont=bf} +\usepackage{subcaption} % ===== MATHS