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chapters/2-setup.tex

@@ -577,7 +577,7 @@ eccitazione in uscita dall'obiettivo.
             & $\lambda_{centr}: \SIlist{446;510;581;703}{\nm}$
             & FF01-446/510/581/703\\
      \end{tabular}
-     \caption{Caption}
+     \caption{Lista delle componenti ottiche}
      \label{tab:optical_components}
  \end{sidewaystable}
  

chapters/3-methods.tex

@@ -433,7 +433,14 @@ di rilevare eventi di durata confrontabile con il tempo di rilassamento
 diffusivo si utilizza una scheda elettronica programmabile dedicata,
 di tipo FPGA (\textit{Field Programmable Gate Array}), per controllare
 il ciclo di retroazione.
-In questo modo è possibile raggiungere una frequenz
+In questo modo è possibile leggere i valori di posizione e aggiustare
+il segnale generato per gli AOM a una frequenza di \SI{200}{\kHz}, pari
+al dobbio della larghezza di banda dei diodi usati nei QPD.
+
+La scheda FPGA (National Instruments) è stata programmata con un codice
+progettato in ambiente LabVIEW, e comunica con un apposito programma
+in esecuzione sul PC di controllo dell'esperimento per configurare i
+parametri sperimentali e memorizzare i tracciati (\texttt{Force-Clamp Control}).
 
  \section{Saggio a tre sfere}
  \label{sec:three-beads}
@@ -478,10 +485,61 @@ applicata sul legame è pari a quella selezionata}.
 \label{fig:three_beads}
 \end{figure}
 
-In figura \ref{fig:three_beads} è rappresentato lo schema realizzato
- 
- \section{Fluorescenza di singola molecole}
+In figura \ref{fig:three_beads} è rappresentato lo schema realizzato.
+In mancanza di legame il sistema continuerebbe a muovere le trappole
+indefinitamente fino a raggiungere regioni dove l'efficienza
+di intrappolamento non è più sufficiente oppure a esaurire l'intervallo
+di deflessioni ottenibili con gli AOM.
+Per evitare questo si decide di limitare gli spostamenti massimi
+delle trappole in un intervallo di qualche \si{nm}, implementando
+un sistema di ``riflessione'': quando il fascio che sta tentando di
+applicare la forza selezionata $\Delta F$ si è spostato di un determinato
+cammino massimo, si scambia il ruolo delle due trappole e si applica
+un comanda un incremento di forza $-\Delta F$ sulla trappola che prima
+era passiva. In questo modo la tensione applicata sul sistema meccanico
+è uguale in modulo e opposta in verso. Inoltre il sistema può continuare
+ad acquisire dati autonomamente per lunghi intervalli di tempo senza
+la necessità di interventi manuali.
+
+Uno schema di questo tipo è già stato utilizzato per lo studio
+dell'interazione di motori molecolari (come la \textit{miosina}) e 
+filamenti di \textit{actina}.
+Nello studio delle giunzioni cellulari sono ipotizzabili numerosi
+esperimenti in cui l'interazione di uno o più fattori coinvolti
+nel complesso delle adesioni sia fatti interagire con un filamento
+di actina teso tra le due trappole.
+
+
+ \section{Fluorescenza di singola molecola.}
  \label{sec:single_molecule_fluorescence}
+
+L'apparato sperimentale consente, in parallelo all'esecuzione di
+un esperimento di \textit{force-clamp}, di eccitare la fluorescenza
+del campione alle lunghezze d'onda di \SIlist{488;532;635}{\nm}.
+Anche il sistema di stabilizzazione attiva (che usa una
+transilluminazione a lunghezze d'onda $ >\SI{700}{\nm}$ può essere
+mantenuto attivo contemporaneamente, visto che le finestra
+di eccitazione e emissione scelte sono a lunghezze d'onda inferiori.
+
+I filtri dicroici utilizzati (vedi tabella \ref{tab:optical_components})
+permettono di osservare radiazione di fluorescenza emessa nelle 
+finestre riportate in tabella \ref{tab:fluo_lambda}:
+
+\begin{table}[ht]
+    \centering
+    \begin{tabular}{c c}
+        \toprule
+        $\lambda$ eccitazione & $\lambda$ emissione \\
+        \midrule
+        \SI{488}{\nm} & \SIrange{502.5}{518.5}{\nm} \\
+        \SI{532}{\nm} & \SIrange{550}{613}{\nm} \\
+        \SI{635}{\nm} & \SIrange{663}{700}{\nm} \\
+        \bottomrule
+    \end{tabular}
+    \caption{Lunghezze d'onda di eccitazione e emissione compatibili con l'apparato sperimentale.}
+    \label{tab:fluo_lambda}
+\end{table}
+
  
  \section{TIRF e illuminazione a modi di galleria}
  \label{sec:gallery_mode}