From f7bbd8b0b16274897e16e92c7d8cbfc10f88c4d4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "lorenzo.zolfanelli93" Date: Thu, 27 Aug 2020 16:59:52 +0000 Subject: [PATCH] Update on Overleaf. --- chapters/2-setup.tex | 2 +- chapters/3-methods.tex | 66 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++--- 2 files changed, 63 insertions(+), 5 deletions(-) diff --git a/chapters/2-setup.tex b/chapters/2-setup.tex index 8b7a666..1384818 100644 --- a/chapters/2-setup.tex +++ b/chapters/2-setup.tex @@ -577,7 +577,7 @@ eccitazione in uscita dall'obiettivo. & $\lambda_{centr}: \SIlist{446;510;581;703}{\nm}$ & FF01-446/510/581/703\\ \end{tabular} - \caption{Caption} + \caption{Lista delle componenti ottiche} \label{tab:optical_components} \end{sidewaystable} diff --git a/chapters/3-methods.tex b/chapters/3-methods.tex index a8aaf40..7bdd134 100644 --- a/chapters/3-methods.tex +++ b/chapters/3-methods.tex @@ -433,7 +433,14 @@ di rilevare eventi di durata confrontabile con il tempo di rilassamento diffusivo si utilizza una scheda elettronica programmabile dedicata, di tipo FPGA (\textit{Field Programmable Gate Array}), per controllare il ciclo di retroazione. -In questo modo è possibile raggiungere una frequenz +In questo modo è possibile leggere i valori di posizione e aggiustare +il segnale generato per gli AOM a una frequenza di \SI{200}{\kHz}, pari +al dobbio della larghezza di banda dei diodi usati nei QPD. + +La scheda FPGA (National Instruments) è stata programmata con un codice +progettato in ambiente LabVIEW, e comunica con un apposito programma +in esecuzione sul PC di controllo dell'esperimento per configurare i +parametri sperimentali e memorizzare i tracciati (\texttt{Force-Clamp Control}). \section{Saggio a tre sfere} \label{sec:three-beads} @@ -478,10 +485,61 @@ applicata sul legame è pari a quella selezionata}. \label{fig:three_beads} \end{figure} -In figura \ref{fig:three_beads} è rappresentato lo schema realizzato - - \section{Fluorescenza di singola molecole} +In figura \ref{fig:three_beads} è rappresentato lo schema realizzato. +In mancanza di legame il sistema continuerebbe a muovere le trappole +indefinitamente fino a raggiungere regioni dove l'efficienza +di intrappolamento non è più sufficiente oppure a esaurire l'intervallo +di deflessioni ottenibili con gli AOM. +Per evitare questo si decide di limitare gli spostamenti massimi +delle trappole in un intervallo di qualche \si{nm}, implementando +un sistema di ``riflessione'': quando il fascio che sta tentando di +applicare la forza selezionata $\Delta F$ si è spostato di un determinato +cammino massimo, si scambia il ruolo delle due trappole e si applica +un comanda un incremento di forza $-\Delta F$ sulla trappola che prima +era passiva. In questo modo la tensione applicata sul sistema meccanico +è uguale in modulo e opposta in verso. Inoltre il sistema può continuare +ad acquisire dati autonomamente per lunghi intervalli di tempo senza +la necessità di interventi manuali. + +Uno schema di questo tipo è già stato utilizzato per lo studio +dell'interazione di motori molecolari (come la \textit{miosina}) e +filamenti di \textit{actina}. +Nello studio delle giunzioni cellulari sono ipotizzabili numerosi +esperimenti in cui l'interazione di uno o più fattori coinvolti +nel complesso delle adesioni sia fatti interagire con un filamento +di actina teso tra le due trappole. + + + \section{Fluorescenza di singola molecola.} \label{sec:single_molecule_fluorescence} + +L'apparato sperimentale consente, in parallelo all'esecuzione di +un esperimento di \textit{force-clamp}, di eccitare la fluorescenza +del campione alle lunghezze d'onda di \SIlist{488;532;635}{\nm}. +Anche il sistema di stabilizzazione attiva (che usa una +transilluminazione a lunghezze d'onda $ >\SI{700}{\nm}$ può essere +mantenuto attivo contemporaneamente, visto che le finestra +di eccitazione e emissione scelte sono a lunghezze d'onda inferiori. + +I filtri dicroici utilizzati (vedi tabella \ref{tab:optical_components}) +permettono di osservare radiazione di fluorescenza emessa nelle +finestre riportate in tabella \ref{tab:fluo_lambda}: + +\begin{table}[ht] + \centering + \begin{tabular}{c c} + \toprule + $\lambda$ eccitazione & $\lambda$ emissione \\ + \midrule + \SI{488}{\nm} & \SIrange{502.5}{518.5}{\nm} \\ + \SI{532}{\nm} & \SIrange{550}{613}{\nm} \\ + \SI{635}{\nm} & \SIrange{663}{700}{\nm} \\ + \bottomrule + \end{tabular} + \caption{Lunghezze d'onda di eccitazione e emissione compatibili con l'apparato sperimentale.} + \label{tab:fluo_lambda} +\end{table} + \section{TIRF e illuminazione a modi di galleria} \label{sec:gallery_mode} \ No newline at end of file