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\documentclass[12pt,twoside,openright]{report}
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% ===== PAGE LAYOUT
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\usepackage[a4paper,width=150mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry}
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\usepackage[utf8]{inputenc}
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\usepackage{fancyhdr}
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\pagestyle{fancy}
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\renewcommand{\headrulewidth}{2pt}
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\fancyhf[lh,rh,ch]{}
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\fancyhf[leh]{\leftmark}
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\fancyhf[roh]{\rightmark}
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%\usepackage{titlesec}
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%\newcommand{\sectionbreak}{\clearpage}
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% ===== LANGUAGE
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\usepackage[italian]{babel}
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% ===== FIGURES AND CAPTIONS
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\usepackage{graphicx}
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\graphicspath{ {images/} }
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\usepackage{caption}
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\captionsetup[figure]{font=small,labelfont=bf}
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\captionsetup[table]{font=small,labelfont=bf}
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\usepackage{subcaption}
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% ===== MATHS
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\usepackage{amsmath}
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\let\vec\mathbf
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\let\Re\relax
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\DeclareMathOperator{\Re}{Re}
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\usepackage[version=4]{mhchem}
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% ===== TABLES
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\usepackage{booktabs}
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\usepackage{rotating}
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% ===== TEXT FONTS
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\usepackage{anyfontsize}
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\usepackage{xcolor}
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\usepackage{siunitx}
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\sisetup{retain-unity-mantissa = false,
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list-final-separator = { e },
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list-pair-separator = { e },
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list-units = single,
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product-units = single,
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range-phrase = --,
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range-units = single}
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% ===== BIBLIOGRAPHY
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\usepackage{cite}
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% ===== PROTOCOLS
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\usepackage{algorithm}
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\usepackage{algorithmic}
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\makeatletter
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\renewcommand{\ALG@name}{Protocollo}
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\makeatother
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% ===== LINKS
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\usepackage{hyperref}
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\title{Master Thesis}
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\author{Lorenzo Zolfanelli}
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\date{April 2020}
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\begin{document}
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\pagestyle{empty}
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\input{titlepage}
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\newgeometry{width=150mm,top=25mm,bottom=25mm}
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\pagestyle{fancy}
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\setlength{\headheight}{15pt}
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\chapter*{Abstract}
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\selectfont
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Alcuni meccanismi fondamentali per la comprensione del funzionamento
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dei tessuti e degli organismi multicellulari sono ancora largamente
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incompresi. In particolare la meccanotrasduzione, ovvero la
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traduzione di stimoli e sollecitazioni meccaniche in segnali
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biochimici, è un fenomeno di fondamentale importanza per molte
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funzioni critiche degli organismi viventi, come quelle responabili
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dell'organizzazione e dell'equlibrio dei tessuti cellulari. La
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meccanotrasduzione ha origine dall'interazione tra due o più proteine
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che, modificando in base alle sollecitazioni esterne le proprie
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caratteristiche conformazionali, possono modulare loro attività in
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funzione dell'ambiente meccanico circostante. In questo lavoro di tesi
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viene proposto l'utilizzo di tecniche laser avanzate per la
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caratterizzazione di questi meccanismi di interazione. Viene descritta
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la realizzazione di un apparato sperimentale adatto a misurare e
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quantificare la cinetica di legame tra le proteine coinvolte al
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variare della forza applicata su esse. Per questo scopo viene
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implementato un sistema in grado di applicare una forza controllata
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con estreme precisione su singole molecole biologiche, sfruttando le
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proprietà dell'interazione tra radiazione-materia e in particolare la
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possibilità di intrappolare otticamente microsfere dielettriche usando
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un fascio gaussiano altamente focalizzato. Un elemento di particolare
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novità che caratterizza l'apparato realizzato è la combinazione di
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tecniche di spettroscopia di forza con tecniche di imaging di singola
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molecola: in questo modo viene proposto un metodo per analizzare
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contemporeanamente l'interazione di più di due proteine per volta - ad
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esempio osservando la presenza di eventuali altri co-fattori legati e
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misurando come essi possano modificare l'interazione studiata.
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Utilizzando fasci di luce inclinati o l'onda evanescente prodotta in
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caso di riflessione interna totale è possibile rivelare co-fattori
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marcati con sonde fluorescente in prossimità delle proteine
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studiate. Correlando temporalmente le informazioni sulla
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localizzazione dei co-fattori con le cinetiche di interazione
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acquisite a forza costante è possibile andare a caratterizzare più
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completamente meccanismi di meccanotrasduzione come quelli
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responsabili dell'adesione tra le cellule nei tessuti degli orgaanismi
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viventi, in un'ambientazione estremamente controllata dove il tipo
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e il numero di elementi interagenti è esattamente determinato.
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\tableofcontents
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\input{chapters/1-introduction}
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\input{chapters/2-setup}
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\input{chapters/3-methods}
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\input{chapters/4-results}
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%\input{setup-fig/fig1}
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\appendix
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\input{chapters/A1-AJ_network}
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\input{chapters/A2-electronics}
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\input{chapters/A3-protocols}
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\bibliography{references.bib}{}
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\bibliographystyle{plainurl}
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\end{document}
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