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lorenzo.zolfanelli93 4 years ago
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chapters/3-methods.tex View File

@ -214,13 +214,81 @@ temporale nella quale la microsfera si stabilizza nella nuova
posizione di equilibrio a seguito di una variazione della forza $F$.
Questo tempo è strettamente legato allo smorzamento dovuto all'attrito
idrodinamico.
Osservando l'equazione di moto \ref{eq:bead_motion} possiamo
Osservando l'equazione di moto \ref{eq:bead_motion} si può
descrivere la dinamica della sfera in due regimi estremi:
il regime \textit{balistico}, quando il moto è dominato dalla
componente inerziale
\begin{itemize}
\item il regime \textit{balistico}, quando il moto è dominato dalla componente inerziale, con un tempo caratteristico
di rilassamento $\tau_\text{bal} = m / \gamma$.
\item il regime \textit{diffusivo}, qunado il termine inerziale
legato alla massa è trascurabile, con un tempo di rilasamento
$\tau_\text{diff} = \gamma / k$.
\end{itemize}
Tenendo conto delle caratteristiche delle microsfere
si hanno valori $\tau_\text{bal} < \SI{1}{\us}$, mentre
per i valori di $k$ ottenibili con il nostro sistema di pinzette
ottiche è possibile ridurre $\tau_\text{diff}$ fino a circa
\SI{100}{\us}.
Il tempo di risposta del sistema nel regime balistico è quindi
completamente trascurabile, e il transiente tra una perturbazione
e la stabilizzazione nella nuova posizione di equilibrio può
essere descritto trascurando il termine inerziale dell'equazione di moto.
Il protocollo di calibrazione sviluppato consente, partendo
dalle tracce temporali della posizione relativa della
microsfera un'asse spaziale, di determinare con precisione i
valori di $\tau$, e quindi di $k$ per ogni posizione della
trappola.
Per fare questo si tiene contro che la densità spettrale
delle fluttuazioni di posizione è data da \cite{Gittes1998}:
\begin{equation}
S_x(\nu) = \frac{k_B T}{\pi^2 \gamma (\nu^2 + \nu_c^2)}
\end{equation}
Dove $\nu_c = 1 / (2\pi\tau) = k / 2\pi\gamma$ é
la frequenza di taglio, inversamente proporzionale al tempo
di rilassamento.
Da un semplice $fit$ della distribuzione spettrale di rumore
della posizione è possibile quindi estrarre il valore di k.
Il segnale misurabile in uscita dagli amplificatori differenziali dei QPD è un segnale in tensione,
compreso tra \SIlist{-10;+10}{\V}, proporzionale alla
posizione relativa della microsfera.
Tramite il fit dei dati possiamo anche ottenere il fattore
di conversione $\beta$ tale che $x_{rel}(V) = \beta V$.
La distribuzione spettrale di rumore, riscalata rispetto alla
variabile $V$ sarà quindi:
\begin{equation}
S_V(\nu) = \frac{1}{\beta^2}\frac{k_B T}{\pi^2 \gamma (\nu^2 + \nu_c^2)}
\end{equation}
Per la calibrazione si procede a preparare un campione con una
cella di flusso contenente microsfere di polistirene (di diametro
\SI{0.9}{\um}).
Grazie a un'apposito programma sviluppato in ambiente LabVIEW
(\texttt{Force-Clamp Calibration}) è possibile acquisire in maniera
automatizzata le tracce del segnale prodotto dai QPD per una griglia
di posizioni delle trappole. Il codice si occupo di memorizzare
le tracce temporali per ogni posizione spostare la trappola modificando
la frequenza inviata agli AOM.
Dalle tracce temporali viene calcolata per ogni posizione di ciascuna
trappola la distribuzione spettrale di rumore, utilizzando i seguenti parametri
\begin{table}[]
\centering
\begin{tabular}{c|c}
& \\
&
\end{tabular}
\caption{Caption}
\label{tab:my_label}
\end{table}
\section{Retroazione AOM e \textit{force-clamp}}


+ 29
- 1
references.bib View File

@ -167,7 +167,7 @@
@article{Monico2014,
doi = {10.3791/51446},
url = {https://doi.org/10.3791/51446},
_url = {https://doi.org/10.3791/51446},
year = {2014},
month = aug,
publisher = {{MyJove} Corporation},
@ -175,4 +175,32 @@
author = {Carina Monico and Gionata Belcastro and Francesco Vanzi and Francesco S. Pavone and Marco Capitanio},
title = {Combining Single-molecule Manipulation and Imaging for the Study of Protein-{DNA} Interactions},
journal = {Journal of Visualized Experiments}
}
@article{Gittes1998,
doi = {10.1007/s002490050113},
_url = {https://doi.org/10.1007/s002490050113},
year = {1998},
month = jan,
publisher = {Springer Science and Business Media {LLC}},
volume = {27},
number = {1},
pages = {75--81},
author = {Frederick Gittes and C. F. Schmidt},
title = {Thermal noise limitations on micromechanical experiments},
journal = {European Biophysics Journal}
}
@article{Welch1967,
doi = {10.1109/tau.1967.1161901},
url = {https://doi.org/10.1109/tau.1967.1161901},
year = {1967},
month = jun,
publisher = {Institute of Electrical and Electronics Engineers ({IEEE})},
volume = {15},
number = {2},
pages = {70--73},
author = {P. Welch},
title = {The use of fast Fourier transform for the estimation of power spectra: A method based on time averaging over short, modified periodograms},
journal = {{IEEE} Transactions on Audio and Electroacoustics}
}

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