zolfa
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tesi-magistrale
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\chapter{Metodi}\label{cap:methods}
\section{Force-clamp}

In figura \ref{fig:setup} è mostrato uno schema integraledell'apparato realizzato.Le componenti principali sono descritte nella sezione \ref{sec:setup}.Successivamente, nella sezione \ref{sec:stabilization} è descritto ilsistema di stabilizzazione meccanica introdotto per compensare lospostamentodel campione dovuto a deriva termica e oscillazioni acustiche.Nella sezione \ref{sec:calibration} è descritta nel dettaglio laprocedura usata per la calibrazione dei parametri delle trappoleottiche.
L'esperimento tipico utilizzato per studiare l'interazione tra unaproteina e un microfilamento di actina consiste in un saggio a tresfere, o \textit{3-beads assay}. I dettagli per la realizzazione diquesto esperimento sono illustrati nella sezione \ref{sec:3beads}.
\section{Apparato sperimentale}\label{sec:setup}
L'apparato sperimentale è stato realizzato presso i laboratori delLENS, sulla base dell'apparato utilizzato in precedenza dal diBiofisica di Singola Molecola per lo studio delle interazioni tramiosina e filamenti di actina e repressori della trascrizionee filamenti di DNA.
L'apparto si compone di N parti principali:\begin{description}    \item[Pinzette ottiche:] Una coppia di fasci gaussiani a \SI{1064}{\nm}, ottenuti da un laser a stato solido, \end{description}


\begin{sidewaysfigure}    \includegraphics[width=1.0\linewidth]{images/Setup.pdf}    \caption{Caption}    \label{fig:setup}\end{sidewaysfigure}
\begin{sidewaystable}    \centering    \begin{tabular}{>{\tt}l l l >{\it}l l}    \toprule         Code & Type & Usage & Parameters & Product ID\\    \midrule    \multicolumn{5}{l}{\it Fluorescence Excitation Path}\\        F-Clean635            & Bandpass Filter            & \SI{635}{\nm} laser clean-up            & $\lambda_{centr}: \SI{640}{\nm},
              bw: \SI{14}{\nm}$
            & FF01-640/14-25\\        L-TS1a            & Plano-Convex Spherical Lens            & Telescope for \SI{635}{\nm} laser            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS1b            & &             & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS2a            &             & Telescope for \SI{488}{\nm} laser            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS2b            & &             & f: \SI{0}{\mm}            & \\        DIC-532            & Single-edge Dichroic Filter            & Excitation beam multiplexing            & $\lambda_{edge}: \SI{532}{\nm}$            & Di02-R532-25-D\\        DIC-488            & &            & $\lambda_{edge}: \SI{488}{\nm}$            & Di02-R488-25-D\\        L-TS3a            & Achromatic Doublet            & Telescope for comb. ex. lasers            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS3b            & &             & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-Exc            &            & Excitation beam focusing            & f: \SI{0}{\mm}             & \\        DIC-Fluor            & Quad-edge Dichroic Filter            & Excitation/Emission separation            & $\lambda_{edge}: \SIlist{405;488;532;635}{\nm}$            & Di03-R405/488/532/635-t1 \\    \multicolumn{5}{l}{\it Tweezers Path}\\        L-TS4a            & Plano-Convex Spherical Lens            & Telescope matching isolator size            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS4b            & &             & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS5a            & Plano-Convex Spherical Lens            & Telescope after isolator            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-TS5b            & &             & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-Twz1            & Plano-Convex Spherical Lens            & Telescope after isolator            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-Twz2              & &             & f: \SI{0}{\mm}            & \\        DIC-Twz1            & Single-edge Dichroic Filter            & Tweezer beam insertion            & $\lambda_{edge}: \SI{1064}{\nm}$            & \\    \multicolumn{5}{l}{\it Imaging Path}\\        L-Im1              & Tube Lens            & Tube Lens            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        L-Im2              & Imaging Lens            & Imaging Lens            & f: \SI{0}{\mm}            & \\        DIC-BF            & Single-edge Dichroic Filter            & Fluorescence/Brightfield demux            & $\lambda_{edge}: \SI{705}{\nm}$            & FF705-Di01-25x36\\        F-BlockBF            & Shortpass Filter            & Residual brightfield suppression            & $\lambda_{cut}: \SI{700}{\nm}$            & FESH0700\\        F-Emiss            & Quad-band bandpass Filter            & Fluorophore emission filtering            & $\lambda_{centr}: \SIlist{446;510;581;703}{\nm}$            & FF01-446/510/581/703\\        F-BlockTwz            & Bandstop filter            & Fluorophore emission filtering            & $\lambda_{centr}: \SIlist{446;510;581;703}{\nm}$            & FF01-446/510/581/703\\     \end{tabular}     \caption{Caption}     \label{tab:my_label} \end{sidewaystable}   \section{Stabilizzazione meccanica} \label{sec:stabilization}