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Merge pull request #22 from jimrybarski/16-remove-skimage

resolves #16 removed scikit image reference, deleted obsolete files
zolfa-add_slices_loading
Jim Rybarski 10 years ago
parent
commit
b328dec994
5 changed files with 1 additions and 35 deletions
  1. +1
    -6
      nd2reader/model/__init__.py
  2. +0
    -9
      tests.py
  3. +0
    -0
      tests/__init__.py
  4. +0
    -20
      tests/model/__init__.py
  5. +0
    -0
      tests/service/__init__.py

+ 1
- 6
nd2reader/model/__init__.py View File

@ -1,5 +1,4 @@
import numpy as np import numpy as np
import skimage.io
import logging import logging
log = logging.getLogger(__name__) log = logging.getLogger(__name__)
@ -69,8 +68,4 @@ class Image(object):
@property @property
def is_valid(self): def is_valid(self):
return np.any(self.data)
def show(self):
skimage.io.imshow(self.data)
skimage.io.show()
return np.any(self.data)

+ 0
- 9
tests.py View File

@ -1,9 +0,0 @@
"""
Auto-discovers all unittests in the tests directory and runs them
"""
import unittest
loader = unittest.TestLoader()
tests = loader.discover('tests', pattern='*.py', top_level_dir='.')
testRunner = unittest.TextTestRunner()
testRunner.run(tests)

+ 0
- 0
tests/__init__.py View File


+ 0
- 20
tests/model/__init__.py View File

@ -1,20 +0,0 @@
import unittest
from nd2reader.model import MetadataSet, MetadataItem
class MetadataItemTests(unittest.TestCase):
def test_is_valid(self):
data = b'\x0b\x13S\x00L\x00x\x00P\x00i\x00c\x00t\x00u\x00r\x00e\x00M\x00e\x00t\x00a\x00d\x00a\x00t\x00a\x00\x00\x00!\x00\x00\x00\xd5]\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x06\nd\x00T\x00i\x00m\x00e\x00M\x00S\x00e\x00c\x00\x00\x00\x00\xc0T\x1c\x9b#\xbb@\x06\x0ed\x00T\x00i\x00m\x00e\x00A\x00b\x00s\x00o\x00l\x00u\x00t\x00e\x00\x00\x00Sf\xf5\xa6\xa7\xbeBA\x02\x0ce\x00T\x00i\x00m\x00e\x00S\x00o\x00u\x00r\x00c\x00e\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x06\x06d\x00X\x00P\x00o\x00s\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00$\x9d\xc0\x06\x06d\x00Y\x00P\x00o\x00s\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xe0\r\xe5@\x03\x06u\x00i\x00R\x00o\x00w\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\nu\x00i\x00C\x00o\x00n\x002\x000\x00(\x00L\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x06\x06d\x00Z\x00P\x00o\x00s\x00\x00\x00\x9a\x99\x99\x99Y\x8d\xb8@\x01\x0eb\x00Z\x00P\x00o\x00s\x00A\x00b\x00s\x00o\x00l\x00u\x00t\x00e\x00\x00\x00\x01\x06\x07d\x00A\x00n\x00g'
item = MetadataItem(0, data)
self.assertTrue(item.is_valid)
def test_key(self):
data = b'\x0b\x13S\x00L\x00x\x00P\x00i\x00c\x00t\x00u\x00r\x00e\x00M\x00e\x00t\x00a\x00d\x00a\x00t\x00a\x00\x00\x00!\x00\x00\x00\xd5]\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x06\nd\x00T\x00i\x00m\x00e\x00M\x00S\x00e\x00c\x00\x00\x00\x00\xc0T\x1c\x9b#\xbb@\x06\x0ed\x00T\x00i\x00m\x00e\x00A\x00b\x00s\x00o\x00l\x00u\x00t\x00e\x00\x00\x00Sf\xf5\xa6\xa7\xbeBA\x02\x0ce\x00T\x00i\x00m\x00e\x00S\x00o\x00u\x00r\x00c\x00e\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x06\x06d\x00X\x00P\x00o\x00s\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00$\x9d\xc0\x06\x06d\x00Y\x00P\x00o\x00s\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xe0\r\xe5@\x03\x06u\x00i\x00R\x00o\x00w\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\nu\x00i\x00C\x00o\x00n\x002\x000\x00(\x00L\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x06\x06d\x00Z\x00P\x00o\x00s\x00\x00\x00\x9a\x99\x99\x99Y\x8d\xb8@\x01\x0eb\x00Z\x00P\x00o\x00s\x00A\x00b\x00s\x00o\x00l\x00u\x00t\x00e\x00\x00\x00\x01\x06\x07d\x00A\x00n\x00g'
item = MetadataItem(0, data)
self.assertEqual(item.key, "SLxPictureMetadata")
def test_parse_double(self):
data = b'\x06\nd\x00T\x00i\x00m\x00e\x00M\x00S\x00e\x00c\x00\x00\x00\x00\xc0T\x1c\x9b#\xbb@\x06\x0e'
item = MetadataItem(0, data)
self.assertEqual(item.value, 6947.605901047587)

+ 0
- 0
tests/service/__init__.py View File


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