Update on Overleaf.

chapters/A2-electronics.tex

@@ -54,3 +54,67 @@ logico necessario e descriverlo (secondo le specifiche del linguaggio VHDL).
 Un ulteriore passaggio converte il codice VHDL in istruzioni di programmazione
 della scheda, che vengono eseguite attraverso la connessione USB.
 
+\begin{figure}[ht]
+    \centering
+    \includegraphics[width=\linewidth]{images/elettr.pdf}
+    \caption{Schema delle connessioni tra fotodiodi a quadrante (QPD), scheda
+    FPGA, generatori diretti di segnale (DDS) e modulatori acusto ottici (AOM).}
+    \label{fig:my_label}
+\end{figure}
+
+Nel nostro caso, il segnale in ingresso è la tensione prodotta dagli
+amplificatori dei fotodiodi a quadrante. L'uscita di questi viene
+collegata direttamente ai convertitori analogico/digitali dell'FPGA.
+
+La differenza tra il segnale misurato in ingresso e il set-point viene
+trasformata, attraverso un fattore di conversione determinato in fase di
+calibrazione, in una variazione della frequenza del segnale elettronico
+inviato ai trasduttori presenti sui modulatori acusto ottici.
+
+La generazione del segnale elettronico alla frequenza richiesta è 
+delegata a due generatori digitali di segnale (DDS, Direct Digital
+Synthetizer), forniti da Analog Devices (AD9852), in grado di
+modificare la frequenza generata a un rate di \SI{100}{\MHz}.
+
+L'impostazione della frequenza sui DDS si esegue attraverso
+l'immissione di tre \textit{word} di 8 bit in appositi registri su ciascuna
+delle schede utilizzate. Le schede presentano due \textit{bus}, uno per la
+selezione dell'indirizzo del registro, uno per la lettura o scrittura
+di una \textit{word} nel registro selezionato. Una volta impostati indirizzo e
+valori su ciascun \textit{bus} è necessario avviare il trasferimento
+della \textit{word} nel registro di memoria interno impostando su ON un
+ulteriore pin.
+
+La scheda FPGA, una volta determinata la frequenza da inviare a ciascun
+AOM, procede alla programmazione simultanea delle due schede Analog
+Devices, inviando in sequenza le tre \textit{word} necessarie e
+sincronizzandone il trasferimento nei registri di memoria.
+
+Il massimo rate di aggiornamento della frequenza che siamo riusciti a
+raggiungere è inferiore sia a quello supportato dai DDS sia al rate
+di esecuzione del ciclo di retroazione sulla FPGA.
+
+Infatti, tentando di comandare i DDS alla massima velocità possibile
+supportata dalla FPGA, si è osservata la comparsa di anomalie nel
+funzionamento dell'apparato in prossimità di certi valori di frequenza.
+Il \textit{debugging} di questa problematica non è stato affatto semplice
+e ha richiesto un'analisi precisa del segnale trasportato su ciascun
+conduttore del bus tra FPGA e DDS.
+In ultima analisi si è rilevato come fenomeni di \textit{diafonia} tra
+i vari conduttori presenti sul cavo utilizzato per connettore l'FPGA ai DDS
+(cavo fornito da National Instrument) portino ad un allungamento del 
+transiente necessario affinché tutti i bit del bus raggiungano il valore
+impostato.
+
+Si è quindi dovuto procedere a rallentare la velocità di scrittura
+delle singole \textit{word} sui DDS, inserendo un piccolo tempo morto
+(nell'ordine dei nanosecondi) tra la scrittura della word e il trasferimento
+nel registro di memoria.
+
+In conclusione si è osservata una completa risoluzione dei problemi osservati
+con una variazione dei tempi di reazione del sistema ampiamente trascurabile
+rispetto al limiti dettati dal rate di campionamento del segnale dei QPD.
+
+
+
+

chapters/A3-protocols.tex

@@ -82,4 +82,50 @@ immobilizzate}
     \includegraphics{images/flow_cell.pdf}
     \caption{Realizzazione di una cella di flusso}
     \label{fig:my_label}
-\end{figure}
+\end{figure}
+
+
+\begin{algorithm}[ht]
+\caption{Cella di flusso con fluoroforo immobilizzato}
+\label{proto:silica_beads_flow_cell}
+\begin{tabular}{p{2cm} p{12cm}}
+     \textbf{Materiale \mbox{necessario}:}
+     & 
+         $\bullet$~Soluzione con fluoroforo streptavidinato
+         $\bullet$~Acqua ultrapura Milli-Q\textsuperscript{®}
+         $\bullet$~Vetrino portaoggetti
+         $\bullet$~Vetrini coprioggetti \#0 (spessore \SI{100}{\um}) 
+         $\bullet$~Foglio biadesivo (spessore $\approx \SI{60}{\um}$)
+         $\bullet$~Etanolo assoluto ($> 99.8\%$)
+         $\bullet$~Silicone
+         $\bullet$~Carta assorbente
+\end{tabular}
+\begin{algorithmic}[1]
+    \STATE Pulire accuratamente un vetrino portaoggetti e due vetrini
+        coprioggetti, risciacquandoli con etanolo su entrambi i lati.
+    \STATE Far evaporare completamente il solvente.
+    \STATE Ritagliare delle strisce sottili e lunghe (circa
+        \SIlist{2x50}{\mm}) di foglio biadesivo.
+    \STATE Preparare le celle di flusso sul vetrino coprioggetti utilizzando
+        le striscette adesive (come in figura), lasciando la pellicola
+        protettiva superiore.
+    \STATE Sonicare per \SIrange{1}{2}{\minute} minuti la soluzione
+    contenente microsfere
+        e nitrocellulosa, in modo da eliminare eventuali aggregati.
+    \STATE Vortexare per \SIrange{20}{30}{\second}, in modo da sospendere
+        omogenemaente le microsfere nel volume della soluzione.
+    \STATE Prelevare con una micropipetta \SIrange{1}{2}{\uL} di soluzione.
+    \STATE Depositare la soluzione sopra un vetrino coprioggetti, tenendolo
+        fermo con la punta della pipetta e utilizzando un secondo vetrino per
+        stendere uniformemente la soluzione, poi lasciare riposare \SI{5}{\minute}.
+    \STATE Rimuovere le pellicole protettive dagli adesivi sul vetrino
+        coprioggetti, creare le celle di flusso chiudendo il vetrino
+        coprioggetti sul vetrino portaoggetti, assicurandosi che la superficie
+        rivestita con la soluzione rimanga interna alla cella.
+    \STATE Immettere acqua ultrapura, utilizzando una micropipetta, da un lato
+        della cella di flusso, fino a riempirla completamente. Utilizzare se
+        necessario un pezzo di carta assorbente per agevolare il flusso
+        dell'acqua attraverso la cella.
+    \STATE Sigillare i lati aperti della cella utilizzando del silicone.
+\end{algorithmic}
+\end{algorithm}