From a770f7bd0a642bb4f47266038ec1f067d597deee Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "lorenzo.zolfanelli93" <lorenzo.zolfanelli93@gmail.com>
Date: Tue, 25 Aug 2020 16:35:19 +0000
Subject: [PATCH] Update on Overleaf.

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 chapters/3-methods.tex    | 53 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 chapters/A3-protocols.tex | 13 ++++++++++
 main.tex                  |  9 +++++++
 3 files changed, 75 insertions(+)
 create mode 100644 chapters/A3-protocols.tex

diff --git a/chapters/3-methods.tex b/chapters/3-methods.tex
index 3a21756..8c35096 100644
--- a/chapters/3-methods.tex
+++ b/chapters/3-methods.tex
@@ -4,6 +4,59 @@
  \section{Stabilizzazione meccanica}
  \label{sec:stabilization}
  
+ Nonostante l'isolamento meccanico fornito dagli
+ elastomeri e dal tavolo ottico la posizione del campione
+ rispetto al centro dell'obiettivo e la quota del piano
+ focale sono soggette a fluttuazioni e derive.
+ Gli effetti più evidenti e rilevabili sono rapide
+ oscillazioni della posizione del campione dovute a
+ vibrazioni acustiche residue e una progressive deriva
+ rispetto alla posizione fissata che diventa significativa
+ ($> \SI{100}{\nm}$) per tempi di osservazione di
+ diversi minuti.
+ 
+ Per quantificare quest'effetto viene usato un apposito
+ campione in cui diverse microsfere in silice, di diametro
+ \SI{0.5}{\um}, vengono immobilizzate in uno strato di
+ nitrocellulosa depositato nella superficie interna
+ del vetrino coprioggetti. Le varie fasi per la
+ preparazione di questo campione sono descritte nei
+ particolari nell'appendice \ref{app:protocols} relativa
+ ai protocolli, alla sezione
+ \ref{sec:proto:silica_beads_flow}.
+ 
+ Le microsfere immobilizzate nel campione possono
+ essere messe a fuoco e visualizzate attraverso il 
+ sistema di microscopia a luce trasmessa.
+ Una volta selezionata e messa a fuoco una microsfera,
+ analizzando l'immagine prodotta da uno dei due sensori
+ CMOS è possibile calcolare le coordinate (in pixel)
+ del suo centroide:
+ 
+ \begin{equation}
+     (x_{cen}, y_{cen}) =
+        \frac{
+            \sum_{(x, y)} (x, y) I(x, y)
+        }{
+            \sum_{(x, y)} I(x, y)
+        }
+ \end{equation}
+ 
+ Per evitare di considerare altre microsfere o
+ imperfezioni sul campione si sceglie di effettuare il
+ calcolo del centroide limitando la regione dell'immagine
+ utilizzata a un rettangolo nel quale una microsfera è
+ sufficientemente isolata.
+ 
+ Ricalcolando il centroide intervalli temporali fissati
+ è possibile osservare la deriva della posizione (x, y)
+ della microsfera. Inoltre è possibile sfruttare questo
+ stesso campione per effettuare una calibrazione del
+ fattore di conversione pixel/nm lungo due assi 
+ ortogonali.
+
+ 
+ 
  \section{Calibrazione parametri trappole}
  \label{sec:calibration}
  
diff --git a/chapters/A3-protocols.tex b/chapters/A3-protocols.tex
new file mode 100644
index 0000000..5c76849
--- /dev/null
+++ b/chapters/A3-protocols.tex
@@ -0,0 +1,13 @@
+\chapter{Protocolli}
+\label{app:protocols}
+
+
+\begin{algorithm}[h]
+\caption{Cella di flusso con microsfere in silice
+immobilizzate}
+\label{proto:silica_beads, }
+\begin{algorithmic}[1]
+    \STATE sfasdf
+    \STATE fdasf
+\end{algorithmic}
+\end{algorithm}
\ No newline at end of file
diff --git a/main.tex b/main.tex
index ab8c7d6..fba5857 100644
--- a/main.tex
+++ b/main.tex
@@ -51,6 +51,14 @@
 % ===== BIBLIOGRAPHY
 \usepackage{cite}
 
+% ===== PROTOCOLS
+\usepackage{algorithm}
+\usepackage{algorithmic}
+\makeatletter
+\renewcommand{\ALG@name}{Protocollo}
+\makeatother
+
+% ===== LINKS
 \usepackage{hyperref}
 
 \title{Master Thesis}
@@ -81,6 +89,7 @@ Abstract goes here
 \appendix
 \input{chapters/A1-AJ_network}
 \input{chapters/A2-electronics}
+\input{chapters/A3-protocols}
 
 \bibliography{references.bib}{}
 \bibliographystyle{plainurl}